Los episodios 4, 5 y 6 de X-Men ’97 llevan la historia hacia un terreno cada vez más oscuro, al poner a sus protagonistas frente a amenazas que no solo vienen del exterior, sino también de sus propios recuerdos y secretos.
En el episodio 4, la historia se adentra en el pasado de En Sabah Nur, conocido como Apocalipsis, en el antiguo Egipto. Su encuentro con tecnología celestial y los intentos de los X-Men y Magneto por alterar el curso temporal desembocan en un enfrentamiento de enormes consecuencias.
El episodio 5 cambia el foco hacia uno de los pasados más dolorosos de Wolverine. El proyecto Arma X vuelve a abrir viejas heridas, mientras las referencias a Omega Rojo y Alpha Flight amplían el conflicto y colocan tanto a Logan como a Morfo en situaciones límite.
La tensión alcanza otro nivel en el episodio 6, “Danger.Exe”, cuando la Sala de Peligro cobra conciencia propia y toma el control de la mansión. La amenaza obliga al equipo a enfrentarse a secretos vinculados con el pasado de Xavier y pone a prueba la confianza entre los propios X-Men.
Con estos tres episodios, la serie conecta tres grandes conflictos: el pasado de los mutantes, los traumas que todavía persiguen a sus héroes y los secretos que pueden terminar dividiendo al equipo desde adentro.

